赫山区因区内有闻名的“赫山庙”而得名，成立于1994年4月7日。

益阳县(赫山区前身)历史悠久。早在旧石器时代，原始人类在此生活。新石器时代，先民在洞庭湖滨、资水沿岸依岗面水，聚群而居。青铜器时代，村落渐趋密集，先民用石、木器具农耕，农牧业开始发展。春秋战国时期，益阳属楚，为楚国屯兵储粮据点。

秦统一六国后，置益阳县。因地处益水(今资水)之北而得名。建县初，行政区域面积约2.18万平方公里。县治设于资水北岸白马山。

西汉初年，农业生产逐渐开发，贯通东西的古驿道开始形成。汉高祖十一年(前196)，大中大夫陆贾从京都长安出使南越，途经益阳，住资水南岸铁铺岭南山(为纪念陆贾，此山后名陆贾山)。“文景之治”出现繁荣景象。

三国时期，益阳为兵家所必争，先后为蜀、吴属地，今有诸葛井、鲁肃堤、马良湖、甘宁垒等遗址。孙权欲取荆州，派鲁肃领兵拒关羽于益阳，两军对峙资水，关羽单刀赴会于大渡口。

西晋、南北朝时期，巴蜀流民徙入荆湘，县境人口日增。东晋宁康元年(373)，佛教传入，南派领袖惠远禅师分别在青秀山、会龙山修建清修寺和宝泉寺(明代更名栖霞寺)。道教始传，道徒驻浮邱山修道。

唐朝推行均田令，县境经济逐渐恢复。“贞观之治”时，经济繁荣，稻谷、麻、茶叶及竹木生产闻名海内。佛教盛行，朝廷派大将尉迟敬德来县修建龙牙寺和龙安寺，寺庙发展到24处，有佛教徒1600余人，清修寺、白鹿寺、广法寺、西峰寺为益阳“四大丛林”。荆南节度使裴休(后为宰相)曾讲学于白鹿寺。邑人 赫山区高僧齐己，为晚唐著名诗人，有822首诗作传世。

宋代，今羊舞岭、珠波塘、石笋一带瓷窑业兴起，县治成为湘西北竹木及副产品的主要集散地。文化繁荣，始建学宫于县治，创南轩讲塾于青秀山，理学大师朱熹、宰相李纲、名士苏轼等，或来讲塾讲学，广授生徒；或来清修寺、白鹿寺等地揽胜，吟诗作赋。南宋时，封建压迫加剧，洞庭湖区以钟相为首举行农民起义。建炎三年(1129)，起义军攻克益阳县治，杀守令袁显。

元代至元年间(1264—1294)，挽围河皮、油麻等12个小垸，湖区筑堤围垸自此开始。元贞元年(1295)，益阳县民有万户，升格为州。元末，连年征战杀戮，水灾为患，州境人口剧减，土地荒芜。

明洪武十四年(1368)，益阳降州为县。洪武至永乐年间，江西吉安、吉水等地来县移民落户的达271族，时称“洪武落业”。明代中叶，城镇分布和行政区划大体定型，全县分设23厢里。嘉靖三十年(1551)，知县刘激创建龙洲书院于县治南岸龟台山，兴办兰溪等20多所社学，并拓县治故址修筑城墙，县城初具规模。万历十年(1582)，兰溪、泉交河、沧水铺发展为农村工商集市。明代末期，县境连遭水、旱、疫灾，人口减少，社会衰退。

清代，全县行政区域面积约3180平方公里，仍设23厢里。“康乾盛世”，朝廷奖励农耕，耕地扩大到84万多亩。湖区始种双季稻，稻谷产量迅速增长。嘉庆年间，县境已为“生齿滋盛”、“地辟人稠”之区，稻谷、鱼、猪、竹木自给有余，正常年景外销稻谷10—20万石。嘉庆以后，清廷腐败，地主阶级趁机兼并土地，佃农受到极其苛重的剥削，阶级和民族矛盾激化。

清道光二十年(1840)，鸦片流入，社会衰退。咸丰二年(1852)，太平军攻克县城，将益阳县改名“得胜县”。后“红巾军”、“红黑会”、“哥老会”，等相继起事，但均遭官府镇压。

清宣统三年(1911)，辛亥革命成功，清王朝覆灭，县内拥戴共和，两千多年的封建帝制结束。

民国元年(1912)，国民党益阳分支部成立，次年，被湖南督军汤芗铭下令解散。之后军阀混战，县境成为拉据地带，政局不稳，经济衰退。

1924年6月，夏曦、欧阳笛渔、欧阳泽等地下党员在兰溪金家堤建立湖南省第一个中共农村支部。1926年10月，中共益阳地方执行委员会成立。

民国中期，先后修建长(沙)常(德)公路益阳段和益(阳)沅(江)简易公路。民国19年，湖南省政府列益阳为一等县。

1949年8月3日，中国人民解放军49军146师进驻县城，益阳和平解放，8月18日，中共益阳县委员会、县人民政府成立。新中国成立后，全县撤销乡、保行政建制，设12个区，315个乡，成立区、乡人民政府。

1958年，开展“大跃进”和人民公社化运动，全县建立13个人民公社。

1968年3月，县革命委员会成立。

1979年，设立县人大和县政协，撤销各级革命委员会和人民公社，设县、乡(镇)人民政府。

1994年，随着益阳地区改建为益阳市，文明古老的益阳县改设为益阳市赫山区。1994年4月7日，国务院批准（国函[1994]17号）：（1）销益阳地区、益阳市和益阳县，设立益阳市（地级）。（2）益阳市新设资阳区和赫山区。资阳区辖原益阳市的汽车路、大码头、城内、大水坪4个街道办事处和新桥河、迎丰桥两个镇及长春、香铺仑、李昌港、过鹿坪、杨林坳5个乡，原益阳县的沙头镇、茈湖口镇、张家塞乡，区人民政府驻原益阳市人民政府所在地大码头街道办事处。赫山区辖原益阳市的黄泥湖、金花湖两个乡和桃花仑、会龙山两个街道办事处，原益阳县的赫山、衡龙桥、沧水铺、欧江岔、泉交河、兰溪、八字哨、泥江口、新市渡、谢林港10个镇和提卡子、岳家桥、大泉、樊家庙、白石塘、槐奇岭、珠波塘、上湖、牌口、张家塘、羊舞岭、羊角、石笋、笔架山、泞湖、烂泥湖、千家洲、天成垸、邓石桥19个乡，区人民政府驻原益阳县人民政府所在地赫山镇。

2000年，赫山区辖5个街道、11个镇、8个乡。总人口831114人，各乡镇人口： 赫山街道 60148 桃花仑街道 50132 金银山街道 41652 会龙山街道 31316 朝阳街道 31042 兰溪镇 33309 八字哨镇 28319 龙光桥镇 63900 泉交河镇 44518 欧江岔 镇 37724 沧水铺镇 46009 衡龙桥镇 44480 岳家桥镇 47318 泥江口镇 31053 谢林港镇 32022 新市渡镇 21356 千家洲乡 27361 羊角乡 19934 牌口乡 23002 笔架山乡 27427 白石塘乡 23908 樊家庙乡 24696 石笋乡 21293 黄泥湖乡 19195 （根据第五次人口普查数据；单位：人）

2004年，赫山区辖5个街道、11个镇、9个乡。

2005年，赫山区部分乡镇行政区划作如下调整：将羊角乡、千家洲乡和兰溪镇成建制合并，设立新的兰溪镇，镇人民政府驻河边路（原兰溪镇人民政府驻地）（另一说法：镇人民政府驻尹家坝）；将石笋乡和龙光桥镇成建制合并，设立新的龙光桥镇，镇人民政府驻龙光桥（原龙光桥镇人民政府驻地）；将白石塘乡和衡龙桥镇成建制合并，设立新的衡龙桥镇，并将岳家桥镇的青竹塘村划归新的衡龙桥镇管辖，镇人民政府驻衡龙桥（原衡龙桥镇人民政府驻地）；将樊家庙乡和泥江口镇成建制合并，设立新的泥江口镇，镇人民政府驻泥江口（原泥江口镇人民政府驻地）；将凤凰湖乡和笔架山乡成建制合并，设立新的笔架山乡，乡人民政府驻张家塘；将黄泥湖乡与会龙桥街道办事处合并，设立新的会龙山街道办事处，办事处机关驻会龙山（原会龙山街道办事处机关驻地）。目前，全区共辖12个乡镇、4个街道和一个工业园。

2016年，赫山区所辖乡镇调整为6个街道（含朝阳街道）、9个镇、1个乡和1个工业集中区（不含高新区），156个行政自然村、51个社区居委会。